電阻調速的蓄電池電機車在運行中存在以下幾個明顯的缺點：

首先，由于電阻調速需要依賴電阻器運行，導致電能大量消耗在電阻上，造成能源浪費。電阻器在工作過程中會產生大量熱量，可能導致電阻瓷架和電阻片燒壞，進一步增加了維護成本和安全隱患。

其次，電阻調速是分級調速，導致起動不夠平穩。電機車的牽引力較低，爬坡能力差，無法在復雜的地下環境中高效運行。此外，電氣制動僅能用于減速，無法實現列車的完全停靠。當列車速度低于某一閾值時，牽引電動機無法產生足夠的磁場，失去電氣制動效果。電氣制動通常只能作為輔助緊急制動使用。如果操作不當，可能產生過高的電壓和電流，造成巨大的動力沖擊，要求牽引電動機在機械強度、換向能力、耐熱性和耐壓性方面具有足夠的裕度，以確保電氣制動的可靠性。

另外，直流電機需要定期檢查和維護電刷和換向器。換向火花使其不適合在需要防火防爆的井下環境中使用。此外，直流電機內部的線圈和易磨損的換向銅頭、碳刷等部件，導致其故障率高，維修費用高。其調速器由于依靠凸輪控制觸頭的通斷，在斷開時產生電弧，常常會燒蝕觸頭，增加了維修工作量。

綜上所述，電阻調速的蓄電池電機車在能效、運行平穩性、制動性能和維護方面均存在較多缺點，這使得其在現代礦山應用中逐漸被其他更高效、更可靠的調速方式所取代。